Die Kosten für Stilllegung und Entsorgung der Kernkraftwerke werden alle fünf Jahre in einer umfassenden Studie überprüft und aktualisiert. Auf der Basis der Kostenstudie 2016 hat die Verwaltungskommission der STENFO am 15. Dezember 2016 die provisorischen Beiträge für die Stilllegungs- und Entsorgungsfonds festgelegt. Die Beiträge für die Veranlagungsperiode 2017 bis 2021 fallen für das Kernkraftwerk Gösgen und das Kernkraftwerk Leibstadt wegen der neuen Kostenbasis leicht tiefer aus. Die definitiven Zahlen werden erst in der zweiten Hälfte 2018 erwartet.
Inwieweit sich die Ergebnisse der Kostenstudie 2016 auf die künftigen Jahreskosten der beiden Gesellschaften Kernkraftwerk Gösgen-Däniken AG (KKG) und Kernkraftwerk Leibstadt AG (KKL) auswirken, ist unter anderem abhängig von den mit dem Jahresabschluss zu bildenden Rückstellungen für Nachbetrieb, Stilllegung und Entsorgung. Alpiq ist am KKG mit 40 Prozent und am KKL mit 32,4 Prozent beteiligt und übernimmt anteilsmässig einen Teil der Jahreskosten.